La Cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno se funda en 1663 a partir de la Cofradía de la Sangre de Cristo (actual Cristo de la Agonía), de la que se tiene conocimiento escrito al menos desde 1661.

Existe un acta notarial que habla de las dos hermandades y en la que se transcriben varios acuerdos tomados del Libro de Actas de los Cabildos (Juntas) de la Cofradía de la Sangre de Cristo en relación con la Cofradía "nuevamente fundada de Jesús Nazareno". Este acta está firmada por D. Pascual Gallego Bosque de Vera el día 8 de Marzo de 1739 a instancias de D. José Antonio de Rojas.

CABILDO DEL 13 DE MAYO DE 1663: Los cofrades de la Sangre de Cristo comisionan al letrado D. Tomás Martínez Tomás para que cobre lo que se adeuda a la Cofradía y, con el importe de lo recaudado, "haga hacer una hechura de Jesús Nazareno".

CABILDO DEL 13 DE OCTUBRE DE 1664: De acuerdo con el acta anterior, el comisionado presenta cuentas. Se aprueba un recibo de 718 ¿reales? pagados a D. Gregorio Pérez (natural de Peñas de San Pedro) para el pago de dos imágenes que está elaborando: la del Nazareno y otra que no se describe claramente (Quizás reproducía la flagelación de Cristo). También se menciona una túnica de tafetán morado y otra de lienzo, para la imagen de Jesús Nazareno.

Ante un posible litigio entre las dos incipientes cofradías, la Cofradía de la Sangre, (antes de su desmembración), hace proclama de pobreza para que sea defendida por Letrados de Oficio si llega el caso.

La Cofradía de la Sangre goza de tanto poder que en el año 1738 pretende que se prohíba la participación del estandarte de Jesús Nazareno en la procesión del Viernes Santo en la madrugada. Apoyándose en que sólo la Cofradía de la Sangre tiene permiso para organizarla.   

CABILDO DEL 30 DE MARZO DE 1738: El litigio entra ambas hermandades debe haberse producido y se comisiona al hermano D. José Antonio de Rojas para que se presente ante el Sr. Vicario General de este Obispado y haga valer los derechos de la Cofradía de la Sangre sobre la Imagen de Jesús Nazareno.

CABILDO DEL 3 DE MAYO DE 1738: Se admite la fundación de la nueva hermandad con el nombre de Nuestro Padre Jesús Nazareno. El pleito contra la hermandad continúa pero, a pesar de ello, se acuerda la cesión de los ornamentos necesarios para su adorno, decencia y veneración al ser una hermandad de reciente creación.

1898: Se reorganiza la hermandad con una Junta Gestora presidida por D. Pedro Antonio Rodríguez de Vera que es elegido presidente de la hermandad hasta 1899. Aquel año componían la Junta de Gobierno D. José Ochando Ladrón de Guevara, D. Jerónimo García Laborda y D. Patricio Gómez García.

1899: El 25 de octubre se acuerda confeccionar una nueva túnica para la imagen, y para sufragar el gasto se rifan mantones de manila. Esa túnica se expone actualmente en la Sede de la Cofradía.